Задачи могут пропадать с доски по разным причинам. В статье приведены основные причины по которым это может случаться.
Не смаплены статусы на колонки
Не те сущности выбраны на свимлайнах. Например для группировки выбраны эпики, но они не попадают в запрос фильтра. Решение переключиться на Stories.